II.Dünya Savaşı'ndan sonra, Sovyetler Birliği'nin üye cumhuriyetleri bayraklarını değiştirerek ulusal renklerin şeritlerini getirdiler. Tacikistan harekete geçen 15 ülkenin sonuncusuydu. Önceki Sovyet Tacik bayrakları, altın harflerle eyaletin adının üzerinde olağan komünist çekiç, orak ve yıldız amblemi ile kırmızıydı. 20 Mart 1953'te Tacikistan, altın çekiç, orak ve altın bordürlü kırmızı yıldızıyla Sovyet Kızıl Bayrak'a beyaz üzerine açık yeşil olmak üzere iki yatay şerit ekledi. Yeşil bağcılık ve tarımsal ürünleri temsil ederken, beyaz Tacikistan'ı ünlü yapan pamuğu temsil ediyordu.
Tacikistan 9 Eylül 1991'de bağımsızlığını ilan etti, ancak yine bayrağını değiştirmekte yavaş kaldı. 24 Kasım 1992'den kalma yeni tasarım, 1953 bayrağıyla aynı dört rengi içeriyor. Artık yeşilin tarımsal üretimi temsil ettiği söylenirken, kırmızı bir "devlet egemenliğinin sembolü" Beyaz, pamuk mahsulüne atıfta bulunarak daha önce olduğu gibi aynı anlama sahiptir. Beyaz şeridin ortasındaki taç, yedi altın yıldızdan oluşan bir yayla kaplıdır: Bunların, işçiler, köylüler ve entelektüeller dahil, ülkenin farklı sosyal sınıfları arasındaki birliği temsil ettiği söylenir.
