24 Ekim 1962 Birleşmiş Milletler Günü'nde, Birleşmiş Milletler gözetiminde Amerika Birleşik Devletleri tarafından yönetilmekte olan Pasifik Adaları Güven Bölgesi (TTPI) için ilk olarak bir bayrak çekildi. Bu bayrağın renkleri, açık mavi ve beyaz, Birleşmiş Milletler bayrağına dayanıyordu. Gonzalo Santos tarafından tasarlanan bayrak, 1965'te Ulusal Mikronezya Kongresi'ndeki bir oylamaya dayalı olarak nihai onay aldı.
Güven Bölgesi bayrağındaki altı beyaz yıldız, ülkenin altı bölgesine karşılık geliyordu: Palau, Marshall Adaları ve Kuzey Mariana Adaları (hepsi daha sonra ayrı eyaletler haline geldi) ve ayrıca Yap, Truk (şimdi Chuuk), ve Ponape (şimdi Pohnpei). Son üç ada grubu, Kusaie (şimdiki Kosrae) ek bölgesi ile birlikte 1979'da Mikronezya Federal Devletleri haline geldi. Yeni Mikronezya bayrağı, 30 Kasım 1978'de geçici bir kongre tarafından tasarlandı ve onaylandı. Daha önce Güven Bölgesi tarafından kullanılan bayrağın tasarımına ve sembolizmine dayanarak, bu bayrak dört bölge (eyaletler) için dört beş köşeli beyaz yıldız sundu. , Pasifik Okyanusu için mavi bir alanda ortalanmış. Her yıldızın bir ışını, sanki hayali bir halka üzerinde düzenlenmiş gibi bayrağın merkezinden uzağa işaret ediyordu.3 Kasım 1986'da Amerika Birleşik Devletleri ile serbest ilişki sağlandı ve daha sonra bayrakta küçük bir değişiklik yapıldı: orijinal TTPI bayrağının “Birleşmiş Milletler mavisi” nin yerine koyu mavi kullanıldı.
